Молчановский районный суд Томской области был создан в одно время с Молчановским районом и ведет свою историю с 1920 года. В 1920 году суд именовался Молчановским судом Томского уезда Томской губернии. С 1925 года суд стал называться  Молчановским судом Томского округа Сибирского края. С 1930 года по 1939 год Молчановский район прекратил свое существование как административная территориальная единица, а с ним и районный суд. Вновь образован он был в 1939 году как  Молчановский суд Нарымского округа Новосибирской области, и только в 1944 году стал называться Молчановским судом Томской области.

           У истоков судебной власти Молчановского района стояли судьи: Прозоров, Молчанов, Логинов, Ставский, Костарева, Сагеева, Манылов и Галузин.

Заметный след в истории Молчановского районного суда Томской области оставила Лидия Алексеевна Медведева, возглавлявшая суд с 1960-го по 1977 годы и сменившая на этой должности Георгия Михеевича Галузина. Решения и приговоры Л.А. Медведевой практически не обжаловались, люди принимали их безоговорочно. До сих пор в Молчановском районе Лидию Алексеевну помнят как справедливого и честного судью - человека большого сердца и светлого ума.

В канун дня 8 марта 2007 года на фасадной стороне здания суда, у самого входа, в честь Лидии Алексеевны была открыта мемориальная доска.

Почти два десятка лет, с 1977-го по 1995 годы, возглавлял Молчановский районный суд Василий Антонович Евдокимов. Он представлял судебную власть в районе не в лучшие для судейского сообщества времена. Процветало "телефонное право", была очень слаба материально-техническая база суда: ветшало старое, еще дореволюционной постройки, здание.
Именно по инициативе и при личном участии Василия Антоновича по   ул. Димитрова, 55 в с. Молчаново было построено здание Молчановского районного суда, в котором коллектив трудится и сегодня. В.А. Евдокимов вошел в историю суда как твердый и принципиальный судья. Василий Антонович был активным участником художественной самодеятельности, обладая недюжинными актерскими, музыкальными способностями. Суровая сибирская природа, необъятные обские просторы, красота своенравного могучего Чулыма пробудили в нем поэтический дар. Его стихотворный сборник "Мое сердце тебе нараспашку" снискал признание за пределами района. Ныне Василий Антонович проживает в Шегарском районе Томской области. Он по-прежнему полон сил и энергии, возглавляет Совет ветеранов судей Томской области.

Татьяна Михайловна Желтковская являлась председателем Молчановского районного суда с 1999 года по март 2007 года. В 1969 году Татьяна Михайловна поступила в Томский государственный университет и окончила его с отличием. Работала адвокатом в борзинской юридической консультации Читинской области. Переехав в Молчановский район Томской области, была принята в Томскую областную коллегию адвокатов с местом работы в Молчановской юридической консультации. В июне 1980 года назначена заведующей юридической консультацией Молчановского района. За период работы адвокатом в Читинской и Томской областных коллегиях адвокатов Татьяна Михайловна зарекомендовала себя грамотным, инициативным и добросовестным работником, многократно поощрялась. Начальник отдела юстиции внес представление с просьбой рекомендовать Т.М. Желтковскую в народные судьи.
В феврале 1993 года она успешно сдала квалификационный экзамен на должность судьи. Решением Томского областного Совета народных депутатов от 29 апреля 1993 года Татьяна Михайловна была избрана на должность народного судьи Молчановского районного суда Томской области и принята в штат судей.

Дела Татьяна Михайловна рассматривала качественно, без нарушений процессуальных сроков. 29 марта 1999 года Указом Президента РФ Татьяна Михайловна Желтковская назначена на должность председателя Молчановского районного суда Томской области. В 2006 году Татьяна Михайловна награждена почетным знаком "Золотая Фемида".

С 19 ноября 2007 года по 8 февраля 2015 года председателем Молчановского районного суда Томской области являлась Тамара Ивановна Рудова. Она в 1986 году закончила юридический факультет Томского государственного университета имени В.В.Куйбышева. С 1978-го по 1982 годы работала секретарем судебного заседания Молчановского районного суда.

Во время председательствования Рудовой Т.И. и под её руководством был открыт музей истории Молчановского районного суда, который по настоящее время принимает гостей.

С 1982-го по 1988 год трудилась в Молчановском районном потребительском обществе сначала в должности юрисконсульта, затем исполняющей обязанности председателя правления Молчановского сельского потребительского общества. С 1990 по 1993 год Тамара Ивановна работала заместителем председателя правления Молчановского райпотребсоюза по кадрам, а с 1993 года - адвокатом Молчановской юридической консультации. 29  марта 1998 года Указом Президента РФ Тамара Ивановна была назначена на должность судьи Молчановского районного суда, а 19 ноября 2007 года  - на должность председателя Молчановского районного суда. Справедливый судья, ответственный и инициативный руководитель Тамара Ивановна воплотила в жизнь идею создать музей истории Молчановского районного суда, открытие которого состоялось в октябре 2014 года и было приурочено к  90-летнему юбилею суда. 

Патриархом Молчановского районного суда является Владимир Станиславович Бек, который начал трудовую деятельность в 50-х годах прошлого века в качестве судебного исполнителя. Владимир Станиславович родился 20 июля 1932 года в деревне Соколовка Молчановского района в семье рабочего. До службы в рядах Советской Армии трудился рабочим в орсе леспромхоза. После окончания курсов радиотехников-диспетчеров, работал диспетчером Молчановской МТС. В 50-х годах единственным транспортом в суде был конь по кличке Простор. И в буранную зимнюю непогоду, и в осеннюю слякоть приходилось ездить молодому судебному исполнителю по таежным деревням и поселкам Причулымья, претворяя в жизнь решения суда. С 1964 по 1978 годы Владимир Станиславович был сотрудником районного отдела внутренних дел. В 1965 году В.С. Бек поступил на заочное отделение юридического факультета Томского государственного университета и успешно закончил его. В 1978 году был избран судьей Молчановского народного суда и проработал до начала 3-го тысячелетия. И только в возрасте 69 лет коллектив суда тепло проводил Владимира Станиславовича в почетную отставку. В июне 2023 года Владимир Станиславович скончался.

В разные годы судьями Молчановского районного суда работали: Сергей Михайлович Трофимов, Галина Георгиевна Климова, Виталий Дмитриевич Корпушенко, Серякова Зоя Владимировна, Ольга Константиновна Бендер и Николай Алексеевич Чечнев.

Нина Алексеевна Черкашина бессменно и добросовестно работала секретарем судебного заседания с 1968-го по 1982 год. Протоколы она писала четко, грамотно, и главное непосредственно в судебном заседании.

Более 20 лет канцелярию суда возглавляла Татьяна Александровна Неяскина. Она начинала свою работу с должности делопроизводителя. В 1992 году ей был присвоен классный чин - юрист второго класса. Неоднократно награждалась она почетными грамотами Совета судей Томской области за многолетний, добросовестный труд.

В Молчановском районном суде более 16 лет своего трудового стажа проработала Зоя Михайловна Мамонтова. Сначала секретарем судебного заседания, а с 1991 года в должности секретаря суда. Юрист второго класса Зоя Михайловна к своей работе относилась с любовью и со всей ответственностью, зарекомендовала себя как исполнительный, трудолюбивый, доброжелательный человек. С января 2007 года Зоя Михайловна находится на заслуженном отдыхе.

Секретарем судебного заседания более 20 лет проработала и Светлана Александровна Мезер. В зале судебного заседания секретарь – правая  рука председательствующего, каким бы сложным ни был процесс, Светлане Александровне всегда удавалось организовывать его на высоком уровне. За свой многолетний труд она неоднократно поощрялась руководством. 

Также  бессменно с 1994-го по 2011 год работала секретарем судебного заседания Светлана Мансуровна Семенец. К исполнению своих  должностных обязанностей Светлана Мансуровна всегда относилась ответственно и добросовестно, за что пользовалась заслуженным авторитетом среди коллег.

Из года в год кадровый состав Молчановского районного суда крепнет, растёт профессионально, продолжая традиции справедливости, принципиальности и уверенности в поставленных целях, основанные много лет назад именитыми предшественниками.

Хочется отметить, что особый вклад в осуществление правосудия внесли Усынина Ирина Владимировна и Васильев Юрий Михайлович, которые  длительное время отправляли правосудие в Молчановском районном суде, каждый продемонстрировал высокий профессионализм, справедливость и замечательные человеческие качества.

С 22.10.2015 по 15.04.2019 год Молчановский районный суд возглавлял Лапаев Вячеслав Юрьевич.

С 20.11.2020 по 30.09.2024 председателем Молчановского районного суда был Дайнеко Александр Михайлович.  

С 01.10.2024 по 06.10.2025 врип председателя Молчановского районного суда назначена Маркова Елена Николаевна.